ISABEL GERHARDT
DA REPORTAGEM LOCAL

Para aqueles que acompanham os projetos genoma brasileiros, é bom saber que o país não entende apenas de DNA, mas de proteína também. Uma ferramenta de bioinformática nacional, que auxilia no estudo da função de proteínas, já está disponível inclusive no site do PDB (Protein Data Bank), o "oráculo" mundial de sequências de proteínas -equivalente ao GenBank, onde são depositadas as sequências de DNA.
O software Sting (Sequence To and withIN Graphics), que quer dizer "ferrão" em inglês e tem como símbolo uma abelha, foi criado pelos pesquisadores da Embrapa (Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária) Goran Neshich e Roberto Togawa, além de Georgios Pappas Jr., da Universidade Católica de Brasília, do americano Barry Honig, da Universidade Columbia, e sete estudantes da Universidade de Brasília.
"É um programa que facilita o estudo de interações entre proteínas", explica Neshich à Folha, enquanto mostra a estrutura tridimensional de uma protease (proteína que degrada outras proteínas) na tela de seu computador, na Embrapa Informática Agropecuária, em Campinas (SP).
Apesar de toda a festa com os genomas sequenciados, já não é de hoje que os cientistas vêm dizendo que não basta conhecer a sequência de DNA de um organismo. Afinal, o DNA é apenas o repositório da informação, que precisa ser traduzida para a linguagem dos aminoácidos -os blocos construtores das proteínas. São estas moléculas as principais responsáveis pelas reações no interior das células que fazem os seres vivos serem como são.
Só que proteínas não agem sozinhas. Ou elas se ligam a outras proteínas, ou a outros tipos de moléculas, como vitaminas.
O diferencial do Sting com relação aos demais programas que existem no mercado está justamente na ênfase que ele dá a essas interações, pois revela os detalhes das superfícies das proteínas.
"Se você tem mais de uma cadeia protéica, o Sting diz quais são os aminoácidos pertencentes às diferentes cadeias. Pode-se observar a interface das proteínas, e é lá que as coisas acontecem", explica.
Segundo Neshich, nos dois anos e meio desde o seu surgimento, o Sting foi acessado mais de 5 milhões de vezes.

Pioneiro da rede
Neshich é físico-químico de origem sérvia (em sua página na Internet existem links sobre a guerra na Iugoslávia), com doutorado em Illinois (EUA). Acabou vindo parar no Brasil porque conheceu e se casou com uma brasileira, Damares Monte, também pesquisadora da Embrapa.
Neshich é um pioneiro da bioinformática nacional. Foi ele o idealizador da BBNet (BrazilianBioNet), uma rede de usuários de bioinformática, formada em 1992, que permitiu o primeiro acesso dos cientistas brasileiros aos programas de análise de sequências de DNA de forma gratuita, por intermédio de um computador (servidor) da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia.
"Pode-se dizer que a história do Sting vem dessa época. O pessoal usava o GCG e o GenBank (softwares para análise de DNA) e sempre pedia para fazer alguma coisa com estrutura de proteínas, também de forma gratuita", conta Neshich. Ele diz que os pacotes comerciais de análise de proteínas podem custar até US$ 100 mil.
O pesquisador afirma que a nova versão do Sting deverá estar no Protein Data Bank como parte integral da página do banco de dados de proteínas. Pelo menos esse foi o convite que Neshich recebeu no início de março de Phil Bourne, do Centro de Supercomputação da Universidade da Califórnia em San Diego e um dos coordenadores do Protein Data Bank.
"O pessoal de biologia molecular não sabe como fazer um programa desses, mas tem necessidade, e os bioinformatas sabem, mas não têm interesse", diz.
O pesquisador explica que o funcionamento do programa é bastante simples. Quem quiser conferir, basta clicar no endereço http://www.cbi.cnptia.embrapa.br/. Lá, além do Sting, estão outros programas para análise de proteínas.


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